Le conseil de la MRC dirige les destinées de la Municipalité régionale de comté de Lotbinière et veille à l’exécution de ses mandats. Le conseil est composé de 18 membres, dont le préfet élu par ses pairs.  Le conseil se réunit généralement 10 fois par année (relâche en août et décembre), soit le deuxième mercredi de chaque mois sauf en novembre où la séance se tient le quatrième mercredi de ce mois.